[株式売買価格に対する課税問題]
同族会社間やグループ会社間での株式譲渡ではなく、利害関係の相反する第三者同士の株式譲渡（M&A）においては、価格が恣意的に決定される恐れがほとんどないことから、当事者間で合意した価格が税務上も時価として認められます。 ただし、同族会社間やグループ会社間での株式譲渡は価格決定に恣意性が入る余地があるため別途税務上で規定された方法で評価するなど考慮が必要です。
[買い手側への課税と株主への課税]
株主譲渡で課税が発生するのは株式を譲渡する買収対象企業の株主であり、基本的に買い手側には課税は発生しません。なお、買収対象企業の株主には、当該株主が個人の場合は譲渡益に対して20%（非上場株式の場合。上場株式の場合は、10%）の所得税および住民税が課税され、法人の場合には、譲渡益が法人税の課税対象になります。
[買収対象企業の欠損金、資産の含み損の利用制限]
欠損金および資産の含み損を有する会社（欠損など法人）を買収して持株比率が50％超となった場合、5年以内に以下の事由に該当すると、欠損金の繰越控除や合併による欠損金の引継ぎおよび資産の譲渡損失の損金算入が制限されるために注意が必要です。
（1）欠損等法人が買収時直前において事業を営んでおらず、買収後に事業を開始すること。
（2）買収前の事業をすべて廃止または廃止する見込みである場合に、買収前事業の規模の概ね5倍を超える資金借入を行うこと。
（3）買い手企業が欠損等法人の一定の債権を取得している場合に、買収前事業の規模の概ね5倍を超える資金借入を行うこと。
（4）（1）から（3）の場合に、欠損等法人が自己を被合併法人または分割法人とする適格合併等をおこなうこと。
（5）欠損等法人が買収されたことに起因して、買収前に常務以上のすべての役員が退任し、かつ、買収前の使用人の概ね20％以上が欠損等法人の使用人でなくなった場合において、欠損等法人の非従事事業（旧使用人が従事しなくなった事業）の規模が概ね5倍を超えることとなること。
